L'agent vétéran de l'Échelon 4, Sam Fisher, se voit confier une nouvelle mission : recruter et entraîner la prochaine génération de Splinter Cell (la division d'action secrète de la NSA), dont sa propre fille Sarah. Mais lorsqu'un assassin connu de Fisher revient d'entre les morts et qu'une dangereuse technologie de cyberguerre est mise aux enchères, père et fille se lancent dans une course contre la montre pour neutraliser la menace. Ils devront alors faire usage de leurs uniques talents pour empêcher que l'arme ne tombe entre de mauvaises mains, et ce, quoi qu'il en coûte.