Shinichi Kudo est un jeune détective lycéen âgé de 17 ans fréquemment associé avec la police. Lors d'une visite dans un parc d'attractions en compagnie de son amie d'enfance, Ran Mouri, il surprend discrètement une conversation privée entre deux individus appartenant à une mystérieuse organisation criminelle dont chaque membre est habillé en noir.

Repéré puis assommé, il est contraint d'avaler un nouveau poison mis au point par cette organisation, avant d'être laissé pour mort. Ce poison, censé le tuer sans laisser de traces, le fait régresser sous son ancienne apparence physique de petit garçon âgé de sept ans à cause d'un rare et inconnu effet secondaire.

Dans le but de cacher sa véritable identité et d'investir son temps dans la traque de cette organisation nommée l'« organisation des Hommes en Noir », il adopte le pseudonyme de Conan Edogawa.