La Patrouille Spéciale d'étude des Singularités Scientifiques fait face à la terrible menace des envoyés du Z-Ton Core menés par leur leader Temperor.

Les machinations se multiplient alors que la vérité à propos des exactions du gouvernement japonais éclate au grand jour.

La volonté de Shinjirô d'endosser le rôle d'Ultraman est sur le point de vaciller une nouvelle fois...