ボス・ベイビーが、兄ティムとともに繰り広げた＜赤ちゃんvs子犬＞の死闘から25年―。 大人になったボス・ベイビーは、世界中を飛び回るエリートビジネスマンとして大成功。一方ティムは、タビサとティナという娘を持つ幸せな専業主夫に。成長した兄弟2人はすっかり疎遠になっていた。そんなある日、ベイビー社にある情報が入る。長女タビサが通う学校の校長アームストロング博士が、世界征服を企んでいるというのだ。世界を救うためには〈ボス・ベイビー〉の協力が不可欠と、彼らの元に〈ボス・レディ〉が派遣されるが、なんとそれはティムの次女ティナだった！？ 「わたし、ボス・レディ。新たな任務を伝えに来たわ」 ボス・ベイビーとティムはスーパーミルクで赤ちゃん返りし、ふたたびチームを組むことに。学校への潜入捜査に向かうが―。 2人は、史上最大のミッションをクリアし、世界と家族を救うことができるのか！？