La Justice League a disparu et les super-méchants envahissent Metropolis ! Il n'y a qu'une seule équipe qui peut résoudre ce mystère : Scooby-Doo et sa bande ! Mais attendez, ce n'est pas le seul chien de la ville : Krypto, le Superchien de Superman aux super pouvoirs est aussi sur le coup. Son aide ne sera pas de trop pour que Mystères associés arrive à débarrasser le quartier général de la Justice League des fantômes qui le hantent. Quant à Lex Luthor, est-il enfin revenu dans le droit chemin ? Ou est-il de mèche avec le Joker et Harley Quinn ? Les super-méchants de DC ont peut-être déjà affronté Superman, mais ils vont devoir faire face à quelque chose de tout nouveau : une bande de sales petits fouineurs !