Alors que Cole se retrouve face à face avec le Témoin, le fantôme derrière l’Armée des Douze Singes, les hallucinations de Cassie deviennent de plus en plus angoissantes. Un malheur ne venant jamais seul, le complexe est menacé. La machine à fragmentation devient incontrôlable, elle est sur le point d’exploser et de détruire l’espace temps. Des fragmentations se produisent de façon aléatoire, ramenant de mortels visiteurs du passé.