Reese et Finch essayent de décompresser le code source de la Machine avant que celui-ci ne se détériore trop. Root, elle, se bat pour sa vie contre une multitude d'agents de « Samaritain » alors que Fusco, lui, doit répondre à beaucoup de questions après les morts de Elias et de Dominic. De nombreux flashbacks montrent Harold programmer la Machine et se demandant si il faut brider sa création.