Sam et Callen sont sur le porte-avion Allégeance pour enquêter sur la mort de l'agent du NCIS Lee, mais la situation se complexifie. L'équipe découvre que les russes ont infiltré des tchétchènes dans les rangs de l'armée américaine (notamment sur ce porte-avion) et que ces tchétchènes se sont rebellés et travaillent désormais pour Daech.