Chuck doit faire face à la menace Fulcrum et à leur propre Intersect ainsi qu'à l'attirance de Sarah envers Cole. Sarah et Casey ont obtenus des informations sur un homme appelé "Perseus" et qui se cache derrière la construction de l'Intersect de Fulcrum. Alors que Casey et Sarah sont envoyés pour trouver Perseus, Chuck et Cole sont obligés de rester dans un bunker de sécurité. Quand la mission prend une tournure dangereuse, ils décident de ne pas suivre les ordres et de quitter le bunker pour porter secours a Casey et Sarah. Pendant ce temps, Morgan essaye de convaincre Anna qu'emménager avec lui est une mauvaise idée.