SG1 accueille les survivants d'une base Tok'ra sur le site alpha où sont déjà regroupés des réfugiés Jaffa. Les deux peuples se méfient l'un de l'autre et des tensions apparaissent. Quand un Tok'ra est retrouvé mort les soupçons se portent sur un Jaffa qui est assassiné à son tour. Les alliés sont au bord d'un lutte fratricide.