La poursuite pour la possession de Scylla continue d'être meurtrière. Don Self est entre la vie et la mort, Krantz détient Sofia et la mère de Michael a capturé Lincoln, qui se trouve également entre la vie et la mort. A la fin, (4 ans plus tard) on apprend que Michael est mort. Lincoln, Sucre, Mahone, Sara et son Fils (Michael) posent des fleurs sur sa tombe. T-Bag est en prison, l'ex general du cartel va passer sur la chaise électrique, C-note est dans une maison avec sa famille et Mahone est en couple avec Felicia Lang (son ancienne coéquipiere du FBI).