Peter Parker alias Spider-man nous présente les deux univers dans lesquels il évolue. Le lycée de Midtown, où il retrouve ses amis MJ et Harry ainsi malheureusement que cette grosse brute de Flash Thompson...et les rues de New York où Spider-man a fort à faire pour contrer les agissements des super-vilains. Suite à une de ses interventions mouvementées, Spider-man rencontre Nick Fury, le directeur du Shield, le bureau des super-espions. Nick propose à Spider-man d'intégrer le Shield pour bénéficier d'un entrainement et de technologies qui feront de lui un meilleur super-héros : Ultimate Spider-man.