Les enjeux sont plus élevés que jamais dans la troisième saison, alors que des superméchants plus ambitieux et plus dépravés font leur apparition et qu’une réorchestration des alliances bouleverse la lutte pour le pouvoir à Gotham. La troisième saison de Gotham lève le voile sur la Court of The Owls, une infâme organisation criminelle. Avec les fugitifs d’Indian Hill en cavale, Jim Gordon doit prendre les choses en main, et ce, dans la peau d’un chasseur de primes qui se donne comme mission de trouver Hugo Strange et Fish Mooney. Harvey Bullock et Nathaniel Barnes demeurent sur la ligne de front de la lutte contre le crime et Bruce Wayne découvre d’autres secrets sur le meurtre de ses parents. Les superméchants de Gotham profiteront de l’aide de la future Poison Ivy, une jeune femme qui maîtrise parfaitement ses charmes, des Tweed Brothers et d’un hypnotiseur talentueux du nom de Mad Hatter.