Six mois après la victoire contre Brainiac et le sacrifice de Seg-El, le Général Zod est devenu le chef militaire de Krypton, remplaçant la dictature théocratique par une dictature militaire au but avoué de conquérir la galaxie. Mais alors qu'il tente de rassembler les ressources pour mettre sur pied sa flotte d'invasion, il fait face à un mouvement de résistance mené par Val-El depuis la lune Wegthor, lune minière d'où est extrait le stellarium, le carburant indispensable pour la propulsion interstellaire de ses vaisseaux de guerre. Par ailleurs, Seg-El, prisonnier de la Zone Fantôme, non seulement est manipulé par Brainiac pour le faire s'évader, mais voit en plus son propre esprit infecté par celui de son ennemi.