La saison 2 est celle des menaces, des mystères, des flash-back, des rebondissements…

John et les villageois sont contraints de tout quitter pour aller se réfugier là où personne ne pourra les trouver, dans le bunker, la base secrète d’Hero Corp. C’est la guerre. Hoodwink est de retour à Montréal, il est prêt à tout pour enfi n prendre le contrôle du monde. Les super-héros sont partout menacés, les sites de l’agence sont détruits, les quelques survivants vont tenter d’aller se réfugier dans la base secrète. Mac Kormack (le directeur de l’agence) est débordé et complètement dépassé par cette situation de crise, il y a des traitres à tous les étages. Après les avoir isolés, décrédités et mis à la retraite, il va se rendre compte que les villageois, menés par John et Mary, sont les seuls à pouvoir l’aider à rétablir l’ordre